Dal 1999 Comef è certificata in accordo a UNI EN ISO 729 ora 3834 (part 2).
Dal 2003 Comef è certificata in accordo a UNI EN ISO 9001.
Dal 2011 Comef è certificata in accordo a BS OHSAS 18001.
Dal 2013 Comef è certificata in accordo a EN1090.

Comef è anche certificata SOA, la certificazione italiana necessaria per la partecipazione a lavori pubblici su territorio italiano, per le categorie OG9, OG11, OS14.

Inoltre Comef è riconosciuta come Centro di Trasformazione dal Consiglio Superiore dei Lavori Pubblici – Servizio Tecnico Centrale – ai sensi del D.M. 14/01/2008 “Norme Tecniche per le Costruzioni”.